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README

Ce fichier resume les changements effectues au code GOTM (gotm-4.0.0) avant son depot
sur svn (gotm_ismer). Ces changements sont identifies par les reperes CHGx.
Les modifications ultérieures au 18 janvier 2011 sont enregistres par svn.

Auteur : Dany Dumont (dany_dumont@uqar.ca)
Date : 16.06.2008 (modifications)
SVN add : 18.01.2011
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CHG1

* Definition de differentes courbes PE qui incluent l'inibition (ex. Platt et al. 1980)

Modifications dans:
/extras/bio/bio_fasham.F90

Introduction de deux parametres supplementaires dans bio_fasham.nml:
I_opt (default=20.0)
inib (default=0.05)

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CHG2

* La vitesse de chute du phytoplancton est passee de constante (w_p) a une fonction de
la croissance du phytoplancton representee par la prise de nitrate ou d'ammonium.
ws(p,:) = w_p*exp(-fall*(dd(n,p,:) + dd(a,p,:))

Modifications dans:
/extras/bio/bio_fasham.F90
/extras/bio/bio_var.F90
/extras/bio/bio_save.F90

Introduction d'un parametre supplementaire dans bio_fasham.nml:
fall (default=1.e7)

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CHG3

* Introduction de la variable nitrate du modele biologique (fasham) dans GOTM comme
traceur passif qu'on peut initialiser, relaxer et advecter a partir des parametres
de namelist. Base sur l'exemple du sel, excepte le role dynamique. Le nitrate est
influence par le bilan p-e (precip. moins evap.) et a la meme viscosite que le sel.

Modifications dans:
/gotm/gotm.F90
/meanflow/nitrate.F90 (nouvelle routine basee sur salinity.F90)
+ modification du Makefile
/meanflow/meanflow.F90
/observations/get_n_profile.F90 (nouvelle routine basee sur get_s_profile.F90)
+ modification du Makefile
/observations/observations.F90
/output/ncdfout.F90
/extras/bio.F90
/extras/bio_var.F90

Introduction de parametres supplementaires dans obs.nml:
&int_pressure
const_dndx (default=0.)
const_dndy (default=0.)
n_adv (default=.false.)

Creation d'une nouvelle namelist dans obs.nml:
&nprofile
n_prof_method= 0
n_analyt_method= 1
z_n1= 25.
n_1= 0.3
z_n2= 35.
n_2= 8.3
n_prof_file= 'nprof.dat'
NRelaxTauM= 0.
NRelaxTauB= 0.
NRelaxTauS= 0.
NRelaxBott= 0.
NRelaxSurf= 0.

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CHG4

* Diagnostic de la variable par (photosynthetically active radiation).
Ce diagnostic permet de calculer la profondeur de la zone photique.

Modifications dans:
/extras/bio/bio_save.F90
/extras/bio/bio_var.F90

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CHG5

* Introduction de la variable ammonium du modele biologique (fasham) dans GOTM commee
traceur passif qu'on peut initialiser, relaxer et advecter a partir des parametres
de namelist. Base sur l'exemple du sel, excepte le role dynamique. L'ammonium est
influence par le bilan p-e (precip. moins evap.) et a la meme viscosite que le sel.

Modifications dans:
/gotm/gotm.F90
/meanflow/ammonium.F90 (nouvelle routine basee sur salinity.F90)
+ modification du Makefile
/meanflow/meanflow.F90
/observations/get_a_profile.F90 (nouvelle routine basee sur get_s_profile.F90)
+ modification du Makefile
/observations/observations.F90
/output/ncdfout.F90
/extras/bio.F90
/extras/bio_var.F90

Introduction de parametres supplementaires dans obs.nml:
&int_pressure
const_dadx (default=0.)
const_dady (default=0.)
a_adv (default=.false.)

Creation d'une nouvelle namelist dans obs.nml:
&aprofile
a_prof_method= 0
a_analyt_method= 1
z_a1= 25.
n_1= 0.3
z_a2= 35.
a_2= 8.3
a_prof_file= 'nprof.dat'
ARelaxTauM= 0.
ARelaxTauB= 0.
ARelaxTauS= 0.
ARelaxBott= 0.
ARelaxSurf= 0.