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Construction d'un nouveau modele biogeochimique bio_gsj, base sur bio_ismer, comprenant une classe hydrocarbure et une deuxieme classe de bacteries pouvant degrader les hydrocarbures. Le traceur hydrocarbon (hcb) est calque sur le traceur nitrate auquel on a ajoute la possibilite de specifier, via la namelist bio_gsj, une vitesse vertical (settling or rising). Trois fichers namelist sont affectes par ce changement (bio, obs et bio_gsj).

Correction de plusieurs erreurs dans les termes impliquant les preferences de broutage par les dexu classes de zooplancton (z1 et z2).

Correction d'un bog avec les termes lies a la mte (mte=.true.) dans les equations de reaction. Le probleme faisait en sorte que le modele n'etait pas conservatif.

Ajout d'un terme de broutage du p1 par le z1 avec sa preference r14 correspondante. Ajout de amratio et hmratio comme parametres de la namelist bio_ismer.nml.

Le dependance en temperature du modele bio_ismer est maintenant activable via une variable logique (mte) dans la namelist bio_ismer.nml. Quatre nouveaux coefficients peuvent egalement etre modifies dans la namelist (ca1, ca2, ch1, ch2). Une description de ces parametres a ete integree dans nml/bio_ismer.nml.

Modification du modele bio_ismer par l'ajout de diagnostics (lumlim2, etc.) et l'ajout de coefficients au module de dependence en temperature.

Le modele bio_ismer contient desormais une dependence explicite des flux biologiques en fonction de la temperature, basee sur la Metabolic Theory of Ecology (MTE) exposee dans Gillooly et al. (2002). Certains parametres restent a ajuster et ce modele n'a pas encore ete teste. Utilisez avec precaution. Pour desactiver cette option, il faut le faire dans le code en fixant les variables amr1, amr2, hmr1 et hmr2 a 1.0.

Ajout d'un script nouveau pour lancer des simulations biologiques en mode batch. Ce script est applicable a tous les modeles bio et remplace les script batch_fasham.sh, etc. Ces scripts seront eventuellement retires du depot.

Les routines nitrate.F90 et ammonium.F90 sont retirees du repertoire meanflow/. Elles ont ete relocalisees dans le repertoire extras/bio dans une revision precedente.

Complement de modification a la revision precedente sur l'harmonisation de la prise en charge du nitrate et de l'ammonium par le module bio.

Les routines nitrate.F90 et ammonium.F90 ont ete transportees de /meanflow a extras/bio afin de simplifier la prise en compte des dependences (voir Makefile respectifs). Il n'est donc plus necessaire de modifier le code avant de changer de modele biologique.

Ajout de la glace dans le fichier de sortie. La concentration de glace est specifiee par l'utilisateur (airsea.nml) et ne sert qu'a attenuer la lumiere.

Adaptation pour que le code fonctionne avec le modele bio_ismer (bio_model=6). Verifier la declaration de la variable cc(1:9,1:nlev), 9 etant le nombre compartiments qui peut varier d'un modele a l'autre.

Correction d'un bogue dans bio.F90 pour que le code fonctionne avec bio_ismer.F90. Pour changer de modele biologique, il faut modifier l'indice des traceurs nit et amm dans bio.F90 et meanflow/nitrate.F90 et meanflow/ammonium.F90. Ceci devra etre regularise eventuellement.

Ajout d'une routine et d'un fichier namelist pour le nouveau modele biologique bio_ismer. Celui-ci est une version modifiee de Fasham auquel on a ajoute une classe de phyto et une classe de zoo supplementaires. Un terme de nitrification a ete ajoute. Les parametres par defaut devront etre ajustes.

Incorporation d'un nouveau modele biologique (bio_ismer). La routine principale ainsi que la namelist associee seront deposees dans la prochaine revision.

Il est maintenant possible de specifier des valeurs de concentration de glace pour attenuer la lumiere incidente a la surface de l'ocean a l'aide d'un fichier ice.dat. Les options sont documentees dans le fichier nml/airsea.nml qui a 3 parametres supplementaires. Il se peut donc que vous deviez absolument tenir compte de ces changements dans votre airsea.nml afin d'eviter des problemes. Les modifications sont toutes contenues dans airsea.F90 et airsea.nml.

Modification de la diffusivite de background dans le scheme de turbulence kpp pour accomoder differentes observations faites dans l'Arctique et dans l'estuaire du Saint-Laurent.

Les changements de la revision precedente, qui permettent d'uniformiser le traitement de la lumiere entre les modules physique et biologique, ont ete appliques a tous les modeles biologiques et leurs namelists respectives.

Le code a ete modifie pour permettre au modele biologique de Fasham d'utiliser les memes valeurs d'extinction que celle utilisees dans la partie physique, notamment par le module temperature. Le parametre 'A' du module physique a ete remplace par 'aa' pour etre consistant avec le module biologique. Ce changement permet notamment de fournir les valeurs de A, g1 et g2 via un fichier et que ces valeurs soient egalement prise en compte par le module bio. Il reste a appliquer ces changements aux autres modeles biologiques.

Ajout d'un fichier HOWTO expliquant comment formater les données en intrant, préparé par Elisabeth Schulz (Leibniz-Institute for Baltic Sea Research Warnemuende, Germany)