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Conflicts:
	src/Rules.make

Ajout de la variable ppnet (net primary production rate per day) dans le fichier output nc pour les modeles fasham et ismer seulement

Ajout de gmax dans la liste des parametres ecrits par bio_fasham dans le fichier de parametre (.par).

Modification du terme de consommation des hydrocarbures (hc) par les bacteries (b2) dans le modele bio_gsj pour refleter nos discussions du 26 novembre 2014.

Ajout de ecmwf2gotm.m, un script qui formate les donnees de re-analyse ECMWF en fichier meteo pour GOTM (airsea.nml).

Construction d'un nouveau modele biogeochimique bio_gsj, base sur bio_ismer, comprenant une classe hydrocarbure et une deuxieme classe de bacteries pouvant degrader les hydrocarbures. Le traceur hydrocarbon (hcb) est calque sur le traceur nitrate auquel on a ajoute la possibilite de specifier, via la namelist bio_gsj, une vitesse vertical (settling or rising). Trois fichers namelist sont affectes par ce changement (bio, obs et bio_gsj).

Correction de plusieurs erreurs dans les termes impliquant les preferences de broutage par les dexu classes de zooplancton (z1 et z2).

Correction d'un bog avec les termes lies a la mte (mte=.true.) dans les equations de reaction. Le probleme faisait en sorte que le modele n'etait pas conservatif.

Ajout d'un terme de broutage du p1 par le z1 avec sa preference r14 correspondante. Ajout de amratio et hmratio comme parametres de la namelist bio_ismer.nml.

Le dependance en temperature du modele bio_ismer est maintenant activable via une variable logique (mte) dans la namelist bio_ismer.nml. Quatre nouveaux coefficients peuvent egalement etre modifies dans la namelist (ca1, ca2, ch1, ch2). Une description de ces parametres a ete integree dans nml/bio_ismer.nml.

Modification du modele bio_ismer par l'ajout de diagnostics (lumlim2, etc.) et l'ajout de coefficients au module de dependence en temperature.

Le modele bio_ismer contient desormais une dependence explicite des flux biologiques en fonction de la temperature, basee sur la Metabolic Theory of Ecology (MTE) exposee dans Gillooly et al. (2002). Certains parametres restent a ajuster et ce modele n'a pas encore ete teste. Utilisez avec precaution. Pour desactiver cette option, il faut le faire dans le code en fixant les variables amr1, amr2, hmr1 et hmr2 a 1.0.

Ajout d'un script nouveau pour lancer des simulations biologiques en mode batch. Ce script est applicable a tous les modeles bio et remplace les script batch_fasham.sh, etc. Ces scripts seront eventuellement retires du depot.

Les routines nitrate.F90 et ammonium.F90 sont retirees du repertoire meanflow/. Elles ont ete relocalisees dans le repertoire extras/bio dans une revision precedente.

Complement de modification a la revision precedente sur l'harmonisation de la prise en charge du nitrate et de l'ammonium par le module bio.