Le code a ete modifie pour permettre au modele biologique de Fasham d'utiliser...

Le code a ete modifie pour permettre au modele biologique de Fasham d'utiliser les memes valeurs d'extinction que celle utilisees dans la partie physique, notamment par le module temperature. Le parametre 'A' du module physique a ete remplace par 'aa' pour etre consistant avec le module biologique. Ce changement permet notamment de fournir les valeurs de A, g1 et g2 via un fichier et que ces valeurs soient egalement prise en compte par le module bio. Il reste a appliquer ces changements aux autres modeles biologiques.

src/extras/bio/bio_fasham.F90

@@ -39,6 +39,7 @@
 !  default: all is private.
    use bio_var
    use output
+   use observations, only : aa,g2
    private
 !
 ! !PUBLIC MEMBER FUNCTIONS:
@@ -144,8 +145,8 @@
    REALTYPE                  ::  mu4      = 0.02
    REALTYPE                  ::  w_d      = -2.0
    REALTYPE, public          ::  kc       = 0.03
-   REALTYPE                  ::  aa       = 0.70
-   REALTYPE                  ::  g2       = 14.0
+!   REALTYPE                  ::  aa       = 0.70
+!   REALTYPE                  ::  g2       = 14.0
    integer                   ::  out_unit
    integer, parameter        ::  p=1,z=2,b=3,d=4,n=5,a=6,l=7
 !EOP
@@ -183,7 +184,7 @@
                         p_initial,z_initial,b_initial,d_initial,n_initial, &
                         a_initial,l_initial,p0,z0,b0,vp,alpha,k1,k2,mu1,k5,&
                         gamma,w_p,gmax,k3,beta,mu2,k6,delta,epsi,r1,r2,r3, &
-                        vb,k4,mu3,eta,mu4,w_d,kc,aa,g2,                    &
+                        vb,k4,mu3,eta,mu4,w_d,kc,                          &
                         I_opt,inib,                                        &    !CHG1
                         theta,w_pmax,w_pmin                                     !CHG2
 !EOP
@@ -220,8 +221,8 @@
    write(10,901) w_pmin
    write(*,900) '                w_pmax = ',w_pmax
    write(10,901) w_pmax
-   write(*,900) '                aa     = ',aa
-   write(10,901) aa
+   write(*,900) '                A      = ',A
+   write(10,901) A
    write(*,900) '                g2     = ',g2
    write(10,901) g2
 

src/meanflow/temperature.F90

@@ -72,7 +72,7 @@
    use observations, only: dtdx,dtdy,t_adv
    use observations, only: w_adv_discr,w_adv_method
    use observations, only: tprof,TRelaxTau
-   use observations, only: A,g1,g2
+   use observations, only: aa,g1,g2
    use util,         only: Dirichlet,Neumann
    use util,         only: oneSided,zeroDivergence
 
@@ -200,7 +200,7 @@
       z=z+h(i+1)
 
 !     compute short wave radiation
-      rad(i)=I_0*(A*exp(-z/g1)+(1.-A)*exp(-z/g2)*bioshade(i+1))
+      rad(i)=I_0*(aa*exp(-z/g1)+(1.-aa)*exp(-z/g2)*bioshade(i+1))
 
 !     compute total diffusivity
       avh(i)=nuh(i)+avmolT

src/observations/observations.F90

@@ -86,7 +86,7 @@
    REALTYPE, public          :: w_adv=0.,w_height
 
 !  Parameters for water classification - default Jerlov type I
-   REALTYPE, public          :: A=0.58,g1=0.35,g2=23.0
+   REALTYPE, public          :: aa=0.58,g1=0.35,g2=23.0
 
 !------------------------------------------------------------------------------
 !
@@ -755,21 +755,21 @@
          LEVEL3 trim(extinct_file)
          call read_extinction(extinct_unit,julday,secs)
       case (1)
-         A=0.58;g1=0.35;g2=23.0
+         aa=0.58;g1=0.35;g2=23.0
       case (2)
-         A=0.68;g1=1.20;g2=28.0
+         aa=0.68;g1=1.20;g2=28.0
       case (3)
-         A=0.62;g1=0.60;g2=20.0
+         aa=0.62;g1=0.60;g2=20.0
       case (4)
-         A=0.67;g1=1.00;g2=17.0
+         aa=0.67;g1=1.00;g2=17.0
       case (5)
-         A=0.77;g1=1.50;g2=14.0
+         aa=0.77;g1=1.50;g2=14.0
       case (6)
-         A=0.78;g1=1.40;g2=7.9
+         aa=0.78;g1=1.40;g2=7.9
       case (7)
-         A=0.7;g1=0.40;g2=8.0 ! Adolf Stips - Lago Maggiore
+         aa=0.7;g1=0.40;g2=8.0 ! Adolf Stips - Lago Maggiore
       case (8)
-         A=0.7;g1=3.5;g2=14.0 ! Dany Dumont - Amundsen Gulf
+         aa=0.7;g1=3.5;g2=14.0 ! Dany Dumont - Amundsen Gulf
       case default
    end select
 

src/observations/read_extinction.F90

@@ -15,7 +15,7 @@
 ! !USES:
    use time
    use observations, only : read_obs
-   use observations, only : A,g1,g2
+   use observations, only : aa,g1,g2
    IMPLICIT NONE
 !
 ! !INPUT PARAMETERS:
@@ -77,7 +77,7 @@
 
    obs = obs1 + t*alpha
 
-   A = obs(1)
+   aa = obs(1)
    g1 = obs(2)
    g2 = obs(3)